根据移植物抗宿主病在移植后发生的时间，如在100天内发生者称为急性移植物抗宿主病，在100天后发生者称为慢性移植物抗宿主病。
1.急性移植物抗宿主病
发生在移植后早期，是移植后早期死亡的重要并发症之一。其主要累及皮肤、胃肠道及肝脏，少数情况下也可累及其他脏器。皮肤是最常受累的器官，主要表现为皮肤充血及斑丘疹，可伴痒、痛。初发于手掌、足底、随后扩展至面颊、耳、颈、躯干及胸背部，重者伴表皮坏死及皮肤剥脱。胃肠道受累主要表现为顽固性腹泻，每日排便量可达1000毫升以上，伴厌食、恶心、呕吐等症状。严重者出现肠绞痛、便血和肠梗阻。肝脏病变常最后出现，表现为黄疸、血清胆红素和碱性磷酸酶升高。急性移植物抗宿主病大多发生在移植后20～40天。
临床上将受累器官的病变程度从轻到重分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ度(或级)。通常仅有皮肤受累者不会威胁生命，如内脏累及，出现重度黄疸、顽固性腹泻和血便、肠绞痛，以及严重的全身症状者则预后不良。
2.慢性移植物抗宿主病
发生在移植100天后至1年半，少数患者可发生在移植2年后。发生率随移植物来源不同而不同，从20%～70%不等。其中20%～40%为致死性移植物抗宿主病，是影响异体造血干细胞移植长期生存和生活质量的一个重要因素。慢性移植物抗宿主病除与上述易发因素有关外，如移植物来自供者的外周血，而非骨髓则发生率也会增加，因为外周血中的活性免疫细胞可能多于骨髓。此外，先前发生过急性移植物抗宿主病者也易再发生慢性移植物抗宿主病。移植后因植入失败或白血病复发，行同一供者的外周血淋巴细胞输注者也是慢性移植物抗宿主病的危险因素。
慢性移植物抗宿主病常累及口腔黏膜，口腔干燥是最早且最常见的征象，也可伴口腔疼痛或口腔黏膜苔藓样变。皮肤受累早期呈扁平苔藓样皮损，也可出现多边形丘疹，严重者呈泛发性皮损。晚期皮肤色泽变深，萎缩及纤维化，类似于硬皮病，并可影响关节活动，致关节挛缩畸变。眼部受累表现为干眼症，泪液明显减少。肝脏累及多见，主要表现为黄疸，病理上显示为肝坏死或肝硬化。胃肠道波及也十分常见，食管病变可引起吞咽困难和疼痛，如影响进食可致体重下降，食管钡餐造影显示食管狭窄呈锥状改变。此外，慢性移植物抗宿主病可影响支气管及肺，致肺功能减退及呼吸困难。最后，慢性移植物抗宿主病还可伴免疫功能低下，频发感染；也可使血小板持续减少而出血。
慢性移植物抗宿主病是白血病行造血干细胞移植后长期生存者死亡的重要原因，占1/4左右，也是影响患者生存质量的主要因素。
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