转基因生物反应器是利用动植物细胞、组织或器官制备各种外源基因表达产物的装置、系统，主要包括转基因动物细胞生物反应器、转基因动物生物反应器以及转基因植物生物反应器。
随着转基因技术的发展，利用动植物细胞、组织或器官作为生物反应器制备各种外源基因的表达产物逐渐成为当今生命科学技术研究中最具前景的高新技术之一，至今已在多个领域应用于生产。转基因生物反应器应用前景广泛，可用于大规模生产人类蛋白酶类药物、疫苗、细胞因子等产品。主要包括转基因动物细胞生物反应器、转基因动物生物反应器和转基因植物生物反应器三大类。但关于转基因生物及其产品的安全性问题仍存在较大争议。
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