各种薄层层析的原理与其对应的柱层析原理相同，但比其相应的柱层析具有更多的优越性。它同柱层析一样，可选择不同的支持剂和不同的处理方法进行薄层层析，它保持了操作方便、设备简单、显色容易等特点。同时，层析速度快，一般仅需15～20分钟，混合物易分离，分辨力一般比纸上层析高10倍，甚至100倍，它既适用于只有0.01微克(一般用几十微克)的样品分离，又能分离大于500毫克的样品作制备用，而且可以使用如浓硫酸、浓盐酸之类的腐蚀性显色剂。由于薄层制备利于规格化，重现性也较好，滴加样品后可立即展层，不受温度等影响，因此发展较快，应用较广。缺点是对生物高分子物质的分离效果仍然不佳。
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