最常见的并发症是肺炎。一般以继发性细菌性肺炎较常见，以金黄色葡萄球菌、肺炎球菌和嗜血杆菌为多见。原发流感病毒肺炎较少见， 多见于原有心、肺疾患者（特别是风湿性心脏病、二尖瓣狭窄患者）或孕妇，病死率较高。
其他并发症包括Reye's综合征、中毒性休克综合征。Reye's综合征限于2～16岁的儿童，主要与B型流感（或水痘、带状疱疹）有关。临床上在急性呼吸道感染数日后出现恶心、呕吐、继而嗜睡、昏迷、惊厥等神经系统症状，进一步发展为昏迷，近年来认为与服用阿司匹林有关。中毒性休克综合征多在流感后出现，伴有呼吸衰竭，胸片可显示成人呼吸窘迫综合征，但肺炎病变不明显。血液中可有流感抗体上升，气管分泌物可找到致病菌，以金黄色葡萄球菌为多见。
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