类病毒RNA的复制不需借助辅助病毒，但由于其不编码任何蛋白，因而类病毒的复制完全依赖于宿主的转录系统。所有类病毒的复制均为RNA-RNA直接转录，并不涉及DNA。在类病毒感染的植物体中，采用分子杂交技术可以发现多体的类病毒（+）链和（一）链RNA，以及二者的复合物，因此类病毒的复制可能是滚环模式。 [5]
具体过程为：先以滚环方式合成一条负链RNA，再以负链为模板合成一系列的正链RNA，于是形成了一个双链的复制中间体，然后再从复制中间体上产生线状的ssRNA-3分子，RNA-3再在RNA连接酶的作用下环化成RNA-2这种拟病毒分子
因为类病毒RNA主要集中在核内，特别是核仁内，所以其复制很可能是由依赖DNA的RNA聚合酶Ⅱ完成，这一点已在马铃薯纺锤形块茎类病毒（PSTV）中得到证明。至于（+）链和（一）链多体的剪切加工，则可能是由类病毒RNA自身的核酶活性完成的。 [5]
许多类病毒cDNA已经克隆，克隆的PSTV cDNA仍具有侵染性。
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