首先是样品DNA质量，你应测下样品DNA的OD值，在1.8-2.0为宜，纯度或pH不对也会使PCR效果不佳。然后测下浓度，我们这用50-300ng/ul,PCR上样1-2微升，DNA浓度过高反而会抑制PCR反应。另外，最好跑个电泳，看看DNA的完整性，如果完整性不行（即无一条大片段条带)，则在进行较大片段扩增时条带很弱。我们这使用北京德曼特尔的快速无毒植物DNA提取试剂盒来提取真菌DNA，可以满足以上条件且快速无毒。
其次是PCR Mix方面，我们这使用15-20微的体系，不同的PCR酶效果也可能不同，从而导致PCR效果不佳，我们这选用北京康为世纪或北京全式金的PCR Mix，都效果挺好的。
另外是引物方面，如果引物设计的特异性差，或者是合成的纯度不够，也会造成PCR产物模糊，我们是使用华大或金斯瑞合成的引物，大片段用PAGE方式纯化。另外应避免使用反复冻融或长期液态保存的引物。
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