难辨梭状芽孢杆菌产生的毒素有A毒素、B毒素、蠕动改变因子和不稳定因子A毒素引起腺体分泌黏膜损伤及炎症。B毒素没有肠毒活性，但可在A毒素作用的基础上加重黏膜病变。现多认为毒素A在难辨梭状芽孢杆菌致病机制中可能有重要意义。蠕动因子能刺激肌肉收缩加剧腹痛和腹泻不稳定因子在致病中的作用尚不了解。可诱发本病的抗生素有多种：青霉素、半合成青霉素、头孢菌素、氯霉素、林可霉素、四环素、氨基糖甙类等，其中以半合成青霉素、头孢菌素及林可霉素为多。
病理改变多在乙状结肠和直肠。约1%～10%的病变局限在较近端结肠个别报告以小肠病变为主。肠壁散在黄白色斑块样隆起，约1～10mm，圆形或椭圆形间以正常或红斑黏膜可融合成片状灰绿色或棕色的伪膜，伪膜脱落处可见溃疡。显微镜下可见肠黏膜固有层、黏膜下层有炎性细胞浸润，伪膜由中性粒细胞、炎症细胞、纤维素及上皮细胞碎片组成。
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