脑脓肿的治疗方法已经非常成熟，抗菌药物、脓肿腔穿刺、开颅手术切除是治疗的主要手段。但脑脓肿的治疗不能用统一的标准，需要对患者采取灵活的个体化治疗。脓肿腔穿刺因创伤损伤小，已经成为现如今的主流治疗方法，尤其是脑深部或功能区脓肿尤为适用。然而对于有明显颅内压增高的患者或厚壁的多房的脓肿，开颅手术仍应作为首选，对于外伤性脓肿开颅手术能清除可能的异物并封闭可能的瘘口也应作为首选。
脓肿腔穿刺是非常有效的治疗方法，现如今立体定向技术甚至无框架的神经导航技术也得到广泛的普及，脓肿腔穿刺越来越受到受到推崇。绝大多数脓肿能通过穿刺抽吸辅助抗菌药物得到治愈，少部分病例需要多次穿刺，主要原因可能是脓腔壁厚、脓液抽吸不全、脓腔冲洗不干净所致。合理的抗菌药物治疗是必须的，一般而言需要选用广谱的透血脑屏障良好的抗菌药，常规选用的有头孢曲松，美罗培南。如果有培养结果可根据药敏结果选用抗菌药物。必要情况下需要考虑混合感染与厌氧菌感染而选用抗菌药物。
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