蜂房中很难发现细菌，这要归功于蜂胶所具有的的广谱抗菌作用且其抗菌机制复杂多样，而蜂胶中主要是黄酮类化合物发挥抗菌作用，高良姜素、松属素被认为抑菌作用最强。黄酮化合物的抑菌机制主要有抑制胞浆膜功能、抑制核酸合成和抑制能量代谢三种。GUAN X X发现蜂房提取分离出的黄酮类化合物槲皮素和山奈酚可以抑制变形链球菌、远缘链球菌、血链球菌、粘性放线菌、奈氏放线菌和鼠李糖乳杆菌的生长，并显著抑制变形链球菌细胞的致酸性和酸度；
XIAO J等研究显示蜂房提取物可能通过抑制葡聚糖的合成、破坏产酸、抑制和降解生物膜中微生物间基质积累这三条途径影响变形链球菌生物膜活性和结构从而发挥抑菌作用，这提示蜂房有机会成为一种有潜力的龋齿防治药物。庄爱文等研究发现蜂房醇提物对铜绿假单胞菌有很好的抗菌效果，且可以逆转铜绿假单胞菌耐药性，其机理或许是阻碍细菌耐药基因的转录，使得耐药酶不能表达而失却耐药性。JOANNA等通过对慢性伤口感染患者分离出的奇异变形杆菌的临床试验，发现蜂胶乙醇提取物对细菌生物被膜形成有抑制作用从而杀菌。
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