、T4连接酶介导的DNA克隆
传统的分子克隆，通常需要使用相同的限制性内切酶酶切载体和目的片段，使得载体和片段产生相同的粘性或平末端，使用T4 DNA连接酶对其进行连接，转化，挑取阳性克隆，得到重组质粒
为了更方便的对DNA进行克隆，后续又将克隆的载体进行了简化，出现了T载体，这样就可以不用酶切，直接将片段连接到载体上，以便于DNA的保存及后续扩增。
以TA克隆为例来介绍整个连接过程。常规的连接是一个三分子共同反应的过程（图1），载体、片段和连接酶碰撞在一起，发生反应，完成连接过程。为了得到更多的阳性克隆，我们会倾向于加入更多的片段、载体和连接酶，以提高分子碰撞机率，但同时也会遇到一个问题，过高的DNA浓度和T4连接酶浓度会增加分子间相互作用促进串联体和载体自连的形成，反而导致片段和酶的利用率降低。所以在进行TA克隆时，并不是DNA和酶加入的越多越好。
使用这种方法进行克隆，如果需要连接平末端的DNA片段（比如Pfu类酶扩增的片段），则需要进行额外的加A尾反应（可以使用Taq酶完成加A）
二、EASY克隆
EASY克隆的方法主要依赖于载体上所携带的拓扑异构酶。拓扑异构酶的生理作用主要体现在DNA复制的过程中，同时具有内切酶和连接酶的功能：酶切释放DNA复制过程中产生的螺旋力；在复制完成后，将缺口补上，完成DNA的复制。很多拓扑异构酶无明显特异性结合DNA序列的规律，直到1990年，科学家舒曼在牛痘病毒中发现了一种拓扑异构酶能特异性识别C/TCCTT序列（图2），并对后面序列进行切割和连接，才使得拓扑异构酶用于DNA克隆成为可能。
图2 左图：拓扑异构酶识别特定的序列；右图：拓扑异构酶介导的基因克隆
EASY克隆就是基于这一原理，将T碱基通过磷酸键与拓扑异构酶第274位酪氨酸结合，使拓扑异构酶和载体偶联在
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