HLA复合体是人体最复杂的基因系统，呈高度的多态性，主要原因之一是由于HLA复合体的复等位基因所致。
遗传学上将某一个体同源染色体上对应位置的一对基因称为等位基因（alleles）；当群体中位于同一位点的等位基因多于两种时，称为复等位基因（muotiplealleles）。HLA复合体Ⅰ类和Ⅱ类基因位点多为复等位基因。1995年公布的用血清学、MLR和PLT确认的HLA特异性见表6-1。
表6-1HLAⅠ类和Ⅰ类基因特异性总表（1995）
A B C DR DQ DP D A1 B7 B5102 Cw1 DR1 DQ2 DPw1 Dw1 A2 B703 B5103 Cw2 DR103 DQ4 DPw2 Dw2 A203 B8 B52（5） Cw3 DR2 DQ5（1） DPw3 Dw3 A210 B13 B53 Cw4 DR3 DQ6（1） DPw4 Dw4 A3 B15 B54（22） Cw5 DR4 DQ793） DPw5 Dw5 A11 B18 B55（22） Cw6 DR7 DQ8（3） DPw6 Dw6 A23（9） B27 B56（22） Cw7 DR8 DQ9（3） Dw7 A24（9） B35 B57（17） Cw8 DR9 Dw8 A2403 B37 B58（17） Cw9（w3） DR10 Dw9 A25（10） B38（16） B59 DR11（5） Dw10 A26（10） B39（16） B60（40） DR12（5） Dw11（w7） A29（19） B3901 B61（40） DR13（6） Dw12 A30（19） B3902 B62（15） DR14（6） Dw13 A31（19） B40 B63（15） DR1403 Dw14 A32（19） B4005 B64（14） DR1404 Dw15 A33（19） B41 B65（14） DR15（2） Dw16 A34（10） B42 B67 DR16（2） Dw17（w7） A36 B44（12） B70 DR17（3） Dw18（w6） A43 B45（12） B71（70） DR18（3） Dw19（w6） A66（10） B46 B72（70） DR51 Dw20 A68（28） B47 B73 DR52 Dw21 A69（28） B48 B75（15） DR53 Dw22 A74（19） B49（21） B76（15） Dw23 B50（21） B77（15） Dw24 B51（5） B7801 Dw25 Dw26
HLA抗原的命名由世界卫生组织命名委员会确定，每个特异性抗原均以其基因位点的字头附以适当的数字（按抗原被发现或官方认可的顺序）表示。标有w（workshop）的为暂用名，得到认可后将其去掉；1991年决定：新特异性的申报要有明确的DNA顺序，并根据DNA间关系命名，故取消w；现在所保留的w已非当初实验室暂定名的含义，例如保留Cw以示与补体缩写区别，保留Dw和DPw以示其用细胞学方法检测。后面带括弧的表示该特异性由括弧内的特异性分解而来，括弧内为早期确认的抗原，包含多个特异性。表中D抗原不是独立基因位点的编码产物，而是与DR和DQ广泛相关，是用细胞学方法检测的抗原。
表6-1所列特异性是用血清学方法和细胞学方法鉴定出来的，几乎每次会议都命名新的特异性。如此复杂的基因及产物，再加上单倍体共显性遗传的特点，可随机组合成一个巨大的数字；以致在人群中除同卵双胎外，难以找到HLA完全相同者。这充分体现了HLA对免疫调控的个体差异，也为同种器官移植增加了困难。
现在用分子生物学方法可在基因水平上鉴定出更大的HLA多态性，例如HLA-A2的基因有12个变异体（A*0201～A*0212），其差别仅在第19密码子一个碱基的置换。1994年3月WHO命名委员会公布的Ⅰ类和Ⅱ类等位基因为440个，1995年1月又发现了35个新的基因序列，并对以前的报告进行了部分修正。
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