MOFE患者由于原来诸器官功能低下，免疫力下降，以及原患有多种疾病，长期使用多种药物，加之多个器官在短时间内相继或同时衰竭，因此治疗难度较大。在治疗中常遇到多种棘手的矛盾，如肺衰机械通气与血压下降、器官低灌注的矛盾；胃肠道衰竭消化道出血时止血药的应用与诱发心脑血管闭塞性病变的矛盾；肾衰血透、血滤等净化治疗时肝素应用与凝血障碍的矛盾；纠正低血容量与心衰、心律失常的矛盾。使用抗生素控制感染与肠道菌群失调的矛盾。使用激素与胃肠道出血的矛盾；广谱抗生素应用与肝肾功能不全的矛盾等等。对这些矛盾应根据每个患者的具体情况，全面分析对比，权衡利弊得失，妥善处理，防止顾此失彼。
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