1.积极寻找并排除致敏物
应立即停止食入可能导致胃肠过敏的食物或药物诸如牛奶、蛋类、海虾以及过敏药物等。对以黏膜病变为主者排除有关致敏食物或药物后，腹痛和腹泻可迅速改善。
2.糖皮质激素
糖皮质激素有良好的治疗效果，可使病情缓解，多数患者用药后1～2周内症状改善，复发时用药仍有效。适用于弥漫型、手术后复发和腹腔积液为主的患者。急性期可给强的松，见效后逐渐减量至维持剂量。嗜酸性肉芽肿用药时间可适当延长。如果激素疗效不显著，可加用其他免疫抑制剂，如硫唑嘌呤等。
3.色甘酸二钠
色甘酸二钠是肥大细胞膜稳定剂。临床上对肾上腺皮质激素治疗无效或存在较严重的副作用者可改用本药治疗。
4.手术治疗
手术治疗并不能切除受浸润的部位，且黏膜水肿给胃肠吻合造成困难，术后易于复发。因此，自从糖皮质激素使用后，嗜酸性胃肠炎已不需要手术治疗。嗜酸性肉芽肿出现胃肠梗阻、内科治疗无效时可考虑手术治疗。根据情况，术后可应用小剂量强的松口服维持。
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