氟康唑静脉注射与口服的药代动力学特性相似。氟康唑口服吸收良好，且血浆浓度（和系统生物利用度）可达同剂量药物静脉给药后浓度的90%以上。口服吸收不受进食影响。禁食条件下，服用氟康唑后0.5-1.5小时血浆浓度达峰值，血浆消除半衰期接近30小时。血浆浓度与给药剂量成正比。氟康唑每日一次给药4-5天后，可达到其稳态浓度的90%。
给予氟康唑饱和剂量（第一天），即相当于每日常规剂量的2倍后，其血浆浓度可在第二天接近其稳态浓度的90%。表观分布容积接近体内水分总量。氟康唑的血浆蛋白结合率低(11-12%)。
研究显示，氟康唑能够很好地渗透到各种体液中。氟康唑在唾液和痰液中的浓度与血浆浓度相近。在真菌性脑膜炎患者的脑脊液中，氟康唑浓度约为同时间血浆浓度的80%。
氟康唑在皮肤角质层、表皮真皮层和分泌的汗液中可达到高浓度，甚至超过其血清浓度。氟康唑可在角质层中蓄积。氟康唑50毫克，每日一次，用药12天后，其浓度为73微克/克，停药7天后，其浓度仍为5.8微克/克。氟康唑150毫克，每周一次，用药第7天，药物在角质层中的浓度为23.4微克/克，第二次服药7天后，药物浓度仍达7.1微克/克。
氟康唑150毫克，每周一次，连用4个月后，在正常人和患者指甲中的浓度分别为4.05微克/克和1.8微克/克；并且在治疗结束6个月后仍可在指甲中检测到氟康唑。
氟康唑的主要排泄途径为肾脏，接近80%剂量的药物在尿中以原形排出。氟康唑的清除率与肌酐清除率成正比。未发现血循环中有氟康唑的代谢产物。
氟康唑的血浆消除半衰期长，因此可用单剂量治疗阴道念珠菌病，每日一次和每周用药治疗其它适应症。
一项研究比较了氟康唑两种制剂单剂量服用100毫克后的唾液及血药浓度，即口服胶囊及混悬液含漱并在口腔内保留2分钟吞服。在氟康唑混悬液摄入后5分钟可观察到药物在唾液中达到峰浓度，此浓度超过氟康唑胶囊口服后4小时药物在唾液中所达到峰浓度的182倍。约4小时后，服用两种制剂者唾液中氟康唑的浓度相近。氟康唑混悬液在唾液中的平均药时曲线下面积（AUC0-96）明显超过胶囊。从唾液和血浆的药代动力学参数来看，两种剂型的药物消除率无明显不同。
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