1.肝功损害：由于昂丹司琼经肝脏代谢，对中度及高度肝功不良及年老体弱者每天用药剂量不应超过0.15mg/kg，同时应注意肝功恶化时及时用保肝药物。
2.大便干结、腹胀：由于昂丹司琼抑制肠道蠕动所致，严重者症状可持续5～7天。处理此类情况并不难，注意调整饮食结构，增加运动，适当配合内科药物如增强胃肠动力药物即可，一般也可自行缓解。
3.皮疹：在注射周围皮肤斑疹、皮疹或皮肤出现一过性发红等反应。
4.头痛、眩晕、心动过速、胸部不适均少见，均为一过性，不需处理或对症处理即可，静坐不能、支气管痉挛、腹泻、癫痫大发作、低钾血症等偶见。
5.部分患者可短暂性无症状的氨基转移酶升高。
6.曾有即刻过敏反应的报道。
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