1、血液系统
CML患者中,所有研究均报告有血细胞减少，尤其是中性粒细胞和血小板减少，以>750㎎/日的大剂量时发生率较高(Ⅰ期研究)，然而血细胞减少的发生率也明显取决于疾病分期。新诊断CML患者血细胞减少的发生率要小于其他CML患者。3或4度的中性粒细胞减少(ANC<1.0 × 109/L)和血小板减少(血小板计数<50×109/L)，在急变期和加速期的发生率(中性粒细胞减少和血小板减少的发生率分别为59%～61%、44%～63%)较新诊断慢性期患者(中性粒细胞减少发生率为16.7%，血小板减少发生率为8.9%)高4和6倍。新诊断慢性期CML患者中4度中性粒细胞减少(ANC<1.0×109/L)和血小板减少(血小板计数<50×109/L)的发生率分别为3.6%和[1%。中性粒细胞和血小板减少发生的中位数持续时间分别为2～3周和3～4周。对于这类事件，一般可通过降低剂量或暂停用药而缓解，仅个别病例需为此而长期停药。儿童CML患者最常见毒性反应为3或4度血细胞减少。包括中性粒细胞减少、血小板减少和贫血。这些毒性反应通常发生在首次治疗的前几个月。
在GIST患者，出现3级和4级贫血的发生率分别为5.4%和0.7%，这些患者中至少有一部分是与胃肠道或肿瘤内出血有关。3级和4级中性粒细胞减少的发生率分别为7.5%和2.7%，而3级血小板减少的发生率为0.7%,没有患者发生4级血小板减少。全血细胞和中性粒细胞计数降低主要发生在治疗的最初6周,以后细胞计数保持相对稳定。
2、生化检查
CML患者显著的转氨酶升高(<5%)或胆红素升高(<1%)不常见，其能够通过减量或停药(中位持续时间约为一周)来缓解,只有不到1%的患者因肝功能实验室检查异常而长期停药。GIST患者(B2222研究)中,6.8%的患者出现3或4级血清谷丙转氨酶(SGPT)升高,4.8%出现3或4级血清谷草转氨酶(SGOT)升高。胆红素升高的发生率小于3%。
也可见到细胞溶解性、胆汁淤积性肝炎或肝衰竭病例，其中有些是致死性的。
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