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质谱有辐射,电离辐射很严重;质谱难免要用有机溶剂,对身体也会有伤害,尤其女性;噪音污染亦不可忽视;还要考虑到对质谱仪的保护,人多进出质谱室,会加大灰尘等对仪器的污染。基于以上原因,一般采取计算机控制系统与仪器分隔放置,中间放以可视玻璃。