全自动固相萃取仪是利用固体吸附剂将液体样品中的目标化合物吸附，与样品的基体和干扰化合物分离，然后再用洗脱液洗脱或加热解吸附，达到分离和富集目标化合物的目的。目的在于降低样品基质干扰，提高检测灵敏度，其应用于各类食品安全检测、农产品残留监控、环境保护、商品检验、自来水及化工生产实验室。
全自动固相萃取仪能自动完成固相萃取全过程：柱活化-上样-柱淋洗-柱干燥-柱洗脱的步骤，还有自动完成柱切换等功能，并且可以实现批量样品的处理。而普通的固相萃取装置需要实验人员手工操作，这会产生很多差异性的问题，比如：
1、安全性的差异。固相萃取过程中会用到各种各样的化学试剂、容积等，其中难免会有一定的危险性，所以该仪器在安全性方面还是更好一些。
2、数据误差的差异性。人无完人，人工操作时不可避免的会出现一些小失误、小疏忽，这些都会大大影响实验数据。而机器虽然冰冷，但是它会按照设定好的程序来运行，不会出现小失误的情况。
3、实验效率的差异性。毫无疑问，全自动设备的效率肯定远远高过人工。此外，一定程度下，设备可以24小时运行，样品处理能力大大提升。
4、成本的差异性。该仪器成本主要是仪器本身的成本，人工的主要成本也就是人工。另外试剂的消耗方面，人工会略高于设备，可以忽略不计。
总体而言，使用初期成本可能会略高，但是收益也是非常高的。首先是样品处理效率会提高很多，如果实验室需要处理的样品数量较大的话，就非常适合用全自动设备。还有一个不可忽视的优点就是实验的误差更小了，减小误差所带来的价值不好判断，但应该是值得的。
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