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激光扫描共聚焦显微镜可测定的样品种类很多.包括生物材料、组织(切片)、细胞(亚细胞)结构等。样品中荧光的来源主要有如下几种:自发荧光(autofluorescence)、荧光染色、免疫荧光、荧光蛋白、诱发荧光(induced fluorescence)及酶致荧光(enzymatically produced fluorescence)等等。其中大部分荧光素的激发和发射波长均可在仪器自带软件的染料信息库中找到。