共定位分析的实际情况
在分析复杂的荧光图像时，使用伪彩色组合很有用，这在上面已经讨论过了。通常，选择两个彩色通道，最常用的是绿色和红色。因此，叠加区域显示黄色。其他颜色对，比如蓝色、绿色（产生青色），蓝色、红色（产生紫色）也会用到，但因为反射的蓝光对人眼灵敏度低，这些颜色对在实际观察中很少使用。但在许多情况下，尤其是三色图像，不可避免会使用蓝色伪彩色。
采集图像及显示参数方面，应该采用一种标准以便使合成图对每一个荧光信号显示同样的动态范围和补偿。事实上，标准的共聚焦显微镜操作将这种方法视为日常样品分析方法。两个图像 merge 时，如果收集到的光子足够，叠加的红色绿色信号就会产生明确的亮黄色。在光子极少的实验中，共定位荧光团会产生暗黄色，而对背景具有相同贡献的绿色和红色会显示棕色。
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