进行共定位分析还取决于仪器的配置要求，需要最高质量的消色差显微镜物镜，这对于降低色差是很必要的，色差会影响共定位的定量计算。许多生产产商引进了平场复消色差物镜，这种物镜对色差在整个可见光范围内（ 400-700nm）进行校正，可明显有助于荧光显微镜的定量研究。所有的荧光发射滤色片都应该用与荧光团发射光谱匹配的带通透射来优化。这是控制样品中其他荧光团串色最重要的考虑之一。如果在 control 样品中检测到串色（用单一探针染色或未染色只有自发荧光），用装有 AOTF（ acousto-optic tunable filter）的显微镜进行多通道序列扫描会产生最优的结果。
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