毛细管区带电泳色谱仪是利用溶质分子在毛细管内的背景电解质溶液中以不同速度迁移而形成一个个独立的溶质带而达到分离，毛细管等电聚焦电泳色谱仪是利用不同等电点的溶质分子分别聚集在毛细管内不同的位置上不作迁移而达到分离。两者比较如下：
一、分离原理：
1、毛细管区带电泳色谱仪：电泳淌度不同
2、毛细管等电聚焦电泳色谱仪：等电点不同
二、电解质：
1、毛细管区带电泳色谱仪：缓冲溶液
2、毛细管等电聚焦电泳色谱仪：载体两性电解质
三、区带宽度：
1、毛细管区带电泳色谱仪：随时间变宽
2、毛细管等电聚焦电泳色谱仪：随时间变窄
四、区带浓度：
1、毛细管区带电泳色谱仪：被稀释
2、毛细管等电聚焦电泳色谱仪：被浓缩
五、进样方法：
1、毛细管区带电泳色谱仪：塞状进样
2、毛细管等电聚焦电泳色谱仪：混合在支持电解质中
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