暗视场显微镜主要用于观察结构和折射率变化有关的物体，如硅藻、放射虫类、细菌等具有规律结构的单细胞生物以及细胞中的线状结构，如鞭毛、纤维等。用暗视场显微镜还可观察到物镜分辨极限以下的质点，但不适用于观察染色的标本。
在使用暗视场显微镜时，用户当注意以下几点：
1、制作暗视场光挡时，若光挡直径过小或光挡的中心位置不正，则不能全部挡掉直射光，视野不暗，样品与背景的明暗反差不明显;若光挡直径过大，聚焦到样品上的光线不足，使暗视野显微镜观察到的样品亮度不佳，影响观察效果。
2、使用暗视野显微镜时，照明光源的照明强度要高，否则样品的反射光强度不够，影响观察效果。
3、若视场中样品与背景明暗反差不强时，可以上下调节聚光器的位置，使视场内的反差提高。
4、要求使用的载玻片和盖玻片必须无划痕且无灰尘，物镜前透镜也必须清洁无尘。载玻片与盖玻片的厚度应符合标准。载玻片太厚，聚光器的焦点将落在载玻片内，达不到被检物体的平面上;使用油镜头时，由于物镜的工作距离很短，甚至无法调焦，从而看不到或看不清被检物体。
5、物镜的数值孔径必须小于聚光器的数值孔径，否则会因物镜的孔径角大于暗视野显微镜聚光器所形成的照明光束中心暗区的角度，致使部分照明光线射入物镜，破坏或降低了暗视场的照明。
6、载玻片的厚度要适宜，照明光束经暗视野显微镜聚光器后，产生空心照明光锥，即中心为暗区。而反射光的焦点在聚光器上透镜表面之上，很短的距离。因此，载玻片的适宜厚度为0.8～1.2mm。
7、暗视野显微镜镜检时室内要暗，如果没有这样的条件，应尽可能使用遮光装置，以阻止目镜周围的光线射入。
8、在进行油镜镜检时，由于油内的杂质和气泡的漫反射，会妨碍暗视野显微镜镜检效果，所以要求尽可能地除掉油内的杂质和气泡。
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