[1]长的反义RNA并不一定比短的反义RNA更为有效;
[2]在原核生物中针对SD序列及其附近区域的反义RNA可能更有效;
[3]在真核生物中,对应于5'端非编码区的反义RNA可能比针对编码区的反义RNA更有效;
[4]尽量避免在反义RNA分子中出现自我互补的二级结构;
[5]设计的反义RNA分子中不应有AUG或开放读框,否则该反义RNA亦会与核糖体结合而影响其与靶mRNA的配对结合;
[6]进一步还可以将带有ribozyme结构的RNA连在反义RNA的3'端尾上,当反义RNA与靶mRNA杂交后,即可利用其酶活性来降解靶mRNA。