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胚胎干细胞为球状,人胚胎干细胞直径约为14μm,而鼠胚胎干细胞直径约为8μm。胚胎干细胞的细胞核一般较大,核仁明显,而细胞质相对较少。人和小鼠的胚胎干细胞都能在培养皿上形成圆形、边界清晰、表面光滑的细胞集落。