从有关花斑位置效应的事例中可以看到如果基因位置转移到异染色质附近就会出现花斑效应，如果恢复原来位置则花斑效应便随着丧失。这说明基因由于染色体畸变而被转移到异染色质附近时，虽然它在功能上发生了改变，但基因本身并未发生改变。异染色质大部分是由较短的重复顺序所组成，它的螺旋化和固缩程度远远大于常染色质，在细胞分裂期间它的DNA复制落后于常染色质，大多不能转录。在果蝇中已经证实异淀粉酶活性和6-磷酸葡萄糖酸脱氢酶活性的花斑现象是由于某些细胞中两个有关基因的转录受阻而不是翻译受阻的缘故。对于位置效应的机制的了解还不很多，从染色体结构和基因调控角度进行深入的研究将会阐明位置效应的本质，同时位置效应的研究也将会加深对于染色体结构和功能的了解。
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