1、交叉过敏反应。对一种磺胺药呈现过敏的患者对其他磺胺药也可能过敏。
2、肝脏损害。可发生黄疸、肝功能减退，严重者可发生急性肝坏死。故有肝功能损害患者宜避免磺胺药的全身应用。
3、肾脏损害。可发生结晶尿、血尿和管型尿。如应用联磺甲氧苄啶片疗程长，剂量大时宜同服碳酸氢钠并 多饮水．以防止此不良反应。治疗中至少每周检查尿常规2～3次，如发现结晶尿或血尿时给予碳酸氢钠及饮用大量水，直至结晶尿和血尿消失。失水、休克和老年患者应用联磺甲氧苄啶片易致肾损害，应慎用或避免应用联磺甲氧苄啶片。肾功能减退患者不宜应用本品。
4、对呋塞米、砜类、噻嗪类利尿药、磺脲类、碳酸酐酶抑制药呈现过敏的患者，对磺胺药亦可过敏。
5、下列情况应慎用联磺甲氧苄啶片：缺乏葡萄糖-6-磷酸脱氢酶、血卟啉症、叶酸缺乏性血液系统疾病、失水、艾滋病、休克和老年患者。
6、用药期间须注意：
（1）周围血象检查，对疗程长、服用剂量大、老年、营养不良及服用抗癫痫药的患者尤为重要。
（2）治疗中定期尿液检查（每2-3日查尿常规一次）以发现长疗程或高剂量治疗时可能发生的结晶尿。
（3）肝、肾功能检查。
7、每次服用联磺甲氧苄啶片时应饮用足量水分。服用期间也应保持充足进水量，使成人尿量每日至少维持在1200ml以上。如应用本品疗程长，剂量大，除多饮水外宜同服碳酸氢钠。
8、严重感染者应测定血药浓度，对大多数感染疾患者游离磺胺浓度达50～150μg/ml(严重感染120～150μg/ml)可有效。总磺胺血浓度不应超过200μg/ml，如超过此浓度，不良反应发生率增高。
9、不可任意加大剂量、增加用药次数或延长疗程，以防蓄积中毒。
10、由于联磺甲氧苄啶片能抑制大肠杆菌的生长，妨碍B族维生素在肠内的合成，故使用本品超过一周以上者，应同时给予维生素B以预防其缺乏。
11、如因服用联磺甲氧苄啶片引起叶酸缺乏时，可同时服用叶酸制剂，后者并不干扰TMP的抗菌活性，因细菌并不能利用已合成的叶酸，如有骨髓抑制征象发生，应即停用本品，并给予叶酸3～6mg肌注，一日1次，使用2日或根据需要用药至造血功能恢复正常，对长期、过量使用本品者可给予高剂量叶酸并延长疗程。
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