1、眼肌麻痹的鉴别—周围性眼肌麻痹：
（1）动眼神经麻痹：表现为所支配的全眼肌麻痹， 外斜视；眼内肌麻痹，表现瞳孔散大，光反射和调节反射消失，有复视。
（2）滑车神经麻痹：多合并动眼神经麻痹，表现为内斜视，眼球不能向外转动，有复视，多见于炎症、颅底肿瘤、动脉瘤压迫动眼神经、周围神经病变、多发性硬化(MS)等。
2、眼肌麻痹的鉴别—核性眼肌麻痹：
核性损害表现为所支配的部分眼肌麻痹，多为双侧，可有临近结构损害的表现，有交叉瘫，多见于脑血管病、肿瘤等。
3、眼肌麻痹的鉴别—核间性眼肌麻痹：
分前核间性和后核间性眼肌麻痹，前者为内侧纵束损害，表现为同侧眼球可以外展，对侧不能内收，外展侧可有眼震；后者为桥脑侧视中枢到同侧外展神经核之间的纤维损害，表现同侧眼球不能外展，对侧可以内收。多见于脑血管病、脑干肿瘤等。
4、眼肌麻痹的鉴别—核上性眼肌麻痹：
表现为两眼的共轭运动障碍。主要做眼科检查、颅脑CT排除颅内器质性病变。
5、眼肌麻痹的鉴别—核上性垂直性眼肌瘫痪：
见于幼年型(C型慢性神经型)尼曼-匹克氏病，多见儿童，少数幼儿或少年发病，眼底可见樱桃红斑或核上性垂直性眼肌瘫痪。
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