超强攻略！欧易云平台miRanda靶基因预测绘图工具你值得拥有！

前言

microRNA（miRNA）广泛存在于真核细胞中，是内源性的具有调控功能的非编码RNA。miRNA主要通过与靶基因结合起到调控作用，因此miRNA靶基因预测常用在miRNA的研究中。当前主流的miRNA靶基因预测软件有targetScan、TargetFinder和miRanda等。

miRanda靶基因预测官方未上线在线版本，欧易生物云平台团队开发上线了miRanda绘图工具，该工具在原始结果的基础上针对miRNA和靶基因关系进行了绘图，更加直观的显示miRNA与靶基因的结合信息，图片的美观程度可直接用于SCI文章的发表，加速无生信分析背景的老师进行miRNA靶基因预测。

具体步骤

miRanda绘图工具访问地址：（欧易云）

https://cloud.oebiotech.cn/task/detail/array_miranda_plot/

miRanda绘图工具主要参数包括miRNA文件，target文件（lncRNA、circRNA、mRNA）。

miRNA文件和target文件均为fasta格式（*.fa或*.fasta）：第一行以‘>’开头的序列id，第二行开始是碱基序列

常用参数包括：（1）“energy”指结合位点的自由能阈值，默认为-10，自由能越小准确性越高；（2）“score”指结合位点的分值阈值，默认为140，分值越大，准确性越高；（3）“输出文件的名称”用于指定输出结果文件的文件名，默认为miranda。

提交任务运行成功后分析结果包含：（1）结合位点图片；（2）miRanda软件预测的原始文件miranda_raw.txt；（3）汇总的结果表miranda_Result.csv

结合位点图片如下所示：

本期欧易生信云平台小工具介绍到到此就结束了，欢迎各位老师登陆云平台官网

https://cloud.oebiotech.cn/使用。

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