探“云”指南 | 欧易云—物种累计柱状图获得方法

创新多组学技术服务

2022.12.26

作者欧易生物

TA的动态

您是否在寻找这样一种图：能直观展示总体中各部分的结构分布？来欧易云平台，物种累计柱状图能够满足您！这是一款免费制图的小工具，操作简单，仅需动动手指，即可得到您满意的图，快来跟随下面的介绍试试吧！

背景介绍

微生物群落中的物种分类学注释，常用七级分类注释系统，分别是界（Kingdom）、门（Phylum）、纲（Class）、目（Order）、科（Family）、属（Genus）、种（Species）。虽然我们用16S扩增子测序可以得到的最详细的分类等级是种，但由于测序片段通常只有300-500bp，其实大部分只在科水平和属水平上得到较高可信度的注释。所以样本微生物群落的物种组成，通常在门、科和属这几个分类等级的丰度展示。常见的微生物物种分布展示方式种类较多样，使用频率最多的是样本或组的堆叠柱状图，以此概述项目中门或属等分类级中物种分类主体的种类和丰度组成。

主要功能

我们以物种在样本中所占的比例作为变量，横坐标为样本，以累计柱状图的方式展现每个样本中各物种的比例。如果提供了样本分组信息，还可以通过组内求平均的方式展现每个分组的物种比例。

文件要求

物种相对丰度文件

第一列为物种名，自第二列之后为样本分析名，各列对应值为物种在样本中的相对丰度（支持txt、xls、xlsx格式）。请您注意：这里如果把样本名称替换为分组名称，则不需要再上传样本分组信息文件。

图1 | 物种相对丰度文件格式示例图

样本分组信息文件

第一列为样本名称，第二列为样本的分组名称。此文件为非必需文件，如果需要进行样本分组分析，则需要填此参数；如果无需进行样本分组分析，则无需填此参数（支持txt、xls、xlsx格式）。

图2 | 样本分组信息文件格式示例图

参数调整

主要参数

图3 | 主要参数

常用参数

图4 | 常用参数参数

作图调整

上传文件

①请于主要参数中的样本物种相对丰度文件处上传您所要进行分析的文件，如果此文件未上传，您将无法得出结果。上传成功后，将会于“选择文件”后显示您上传的文件名；

此处为上传成功示例：

图5 | 样本物种相对丰度文件上传成功示例

②如果需要进行样本分组分析，请于常用参数中的样本分组信息文件处上传对应文件，上传成功后，将会于“选择文件”后显示您上传的文件名；

此处为上传成功示例：

图6 | 样本分组信息文件上传成功示例

调整其他参数

常用参数中的其他参数均为默认数值，您可根据自己的需求进行修改，

①选取丰度前几：决定分析结果图中显示丰度排名在前几的物种，您可根据想要查看的物种种类的数量进行调整，默认为top10,其余归为others不进行区分展示；

图7 | 选取丰度前几默认top10结果示例

图8 | 选取丰度前几设置为top20结果示例

*说明：由于示例样本物种相对丰度文件中仅有15个样本物种的数据，其他样本物种数据均包含于others中未展开，故在此情况下该参数选择top20或top30，结果最多只能显示15个样本物种，其余归于others。如果您的样本物种种类数超过30个，可按需选择，结果显示的物种种类数将按照您所选的参数进行展示。

②是否进行归一化取相对丰度：是否对展示数据进行归一化处理，默认为不进行归一化处理；

图9 | 是否进行归一化取相对丰度默认不进行归一化处理结果示例

图10 | 是否进行归一化取相对丰度设置为进行归一化处理结果示例

*说明：纵坐标轴刻度值以百分数形式显示，纵坐标轴标签由“Abundance”变为“Relative Abundance”，显示的物种丰度值由具体数值转变为各物种在样本中所占的百分比。

③字体类型、字体样式、坐标轴字体大小、坐标轴刻度字体大小、柱宽、输出图片高度、输出图片宽度：可接受默认设置或自定义输入；

④条形图配色方案：平台共提供34种配色方案，包括多种期刊配色供您挑选，其中欧易配色来自于宏基因组的配色方案，默认配色以及欧易配色2分别来自新版、老版的16S分析报告文件的配色方案，在平台提供的所有配色方案中，others采用一固定配色。

最终提交

所有参数设置成功后

如图所示区域：

图11 | 工具预估耗时提示处

结果分析

（图片展示情况为使用示例文件以及其他参数选择默认）