引物设计如同一门艺术，因为可以覆盖目的区域的设计绝对不止一种，面对纷繁复杂的目的序列，你可以成为一名肆意挥洒的艺术家吗？
引/物/设/计
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对于 PCR 和 Sanger 测序工作流程， 引物是靶标扩增和后续测序成败的关键
引物设计
从基因组 DNA 进行 Sanger 测序，一般我们先使用 PCR 扩增靶标，然后才是进行 Sanger 测序。如果起始材料是质粒 DNA ，则只需要进行 Sanger 测序。
PCR 和 Sanger 测序引物设计的不同
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PCR 扩增需要需要2端位于两条互补链上的引物，分别从正向和反向确定所要扩增的序列区域。
Sanger 测序却只需要一条引物。对于一个给定的 PCR 片段，需要建立两个 Sanger 测序反应，一个用于对正义链进行测序，一个用于对负义链进行测序。
引物设计对很多形式的 PCR 来说都很关键，包括基本 PCR ，片段分析，定量分析和 Sanger 测序。因为它如此重要，所以有些细节在进行实验的时候必须注意。
引物设计注意事项
引物长度应在18 - 22 bp 范围以内
引物的 GC 含量应在50% - 55% 之间
引物3末端应该有一个 GC 结构
引物溶解温度应该在 50 - 55 摄氏度之间
引物不应含有同碱基多聚区域
避免任意方向多于3个碱基的互补
Primer Designer
因为引物设计并非易事，当引物设计错误时，实验会不可避免地遭受损失，有没有什么简单的办法，可以解决这个问题呢？
Primer Designer 是一款免费的 PCR / Sanger 引物在线搜索工具，包含超过 600000 个引物对，覆盖人类外显子组和人类线粒体基因组。你将可以根据样本的外增子长度范围和您的研究目标，根据你的实验对其进行优化。
如果你要通过毛细管电泳遗传分析对 NGS 测序结果验证，只需上传你的 · VCF 文件， 在线使用该工具即可。如果你有 lon Torrent 测序仪，利用 lon Reporter 软件将数据无缝上传到 Primer Designer 。
通过简单的操作就可以找到适宜的引物，帮你省去引物设计的很多不必要的麻烦。
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