上世纪90年代之前,测序用的是“老式”的方法,使用凝胶电泳并人工判读碱基。之后使用毛细管电泳的 Sanger 测序法问世,由此实验室可以自动化地进行碱基判读,并对长片段 DNA 进行测序。
随着技术的进步,下一代测序(NGS)完全对测序方式进行了颠覆。Sanger 测序和 NGS 测序各有其特点。当科研人员们想要进行测序时,到底该选择哪一种测序方法呢?
Sanger 测序和 NGS 测序各有特点,根据不同的需要,选择最适合自己的测序方法,显然是更明智的选择
各有千秋
NGS 和 Sanger 测序相似的地方在于都是对 DNA 片段进行测序,但对于NGS,测序是大规模进行的,数以百万计的片段可以同时进行测序,而 Sanger 测序只生成一个正向序列和一个反向序列。
Sanger 测序准确率达到 99.99%,是临床研究测序的金标准,但 NGS 具有高通量,低成本的特点,因此也正在成为临床研究实验室的常用技术。
具体研究中到底选择哪种测序方法,下面这些因素应该纳入考虑范围。
Sanger vs NGS,如何选择?
如果研究遇到以下情况
你应该选择 Sanger 测序
单基因测序
以最低成本测序1-100个扩增子靶标
一次对多达96个样本进行测序,无需条码序列标记
微生物鉴定
片段分析,例如用 SNaPshot 等技术进行高通量基因分型
微卫星序列或 STR 序列分析
对 NGS 结果进行验证
下一代测序可迅速给出结果
并且完成测序只需大约4小时
NGS 是下列应用的最佳选择
以低成本同时对超过100个基因进行测序
通过单个反应同时测序的大量靶标,找到新的变异
对起始材料较少的样本进行测序
对微生物基因组进行测序以区分病原体亚型
凭借 Applied Biosystems 金标准的 Sanger 测序以及简单可扩展的 lon Torrent 下一代测序,赛默飞可为每一项研究应用提供合适的测序平台。
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