功能介绍
STRING(Search Tool for the Retrieval of Interaction Gene/Proteins)数据库是目前使用最广泛、信息最全面的蛋白互作网络分析工具,既包含了已有报道的蛋白质互作数据,也包含了基于预测的蛋白质互作信息。文章中一般以PPI(ProteinProtein Interaction)互作网络图进行展示,可以直观的展示蛋白间的相互关联,并进一步帮助我们寻找其中的关键节点。
本工具关联STRING数据库,对基因绘制Protein-Protein互作网络图。
数据准备
01
基因列表文件
基因列表文件中列名为 gene_id(基因/蛋白) 。
图1 | 基因列表文件格式示例
02
差异基因列表文件
差异基因列表若含有"Regulation"列, 需包含"FoldChange"列,注意列名的首字母大写。
图2 | 差异基因列表文件
作图步骤
小工具跳转链接:
https://cloud.oebiotech.cn/task/detail/string_ppi/