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蛋白组多组学联合:蛋白-DNA互作、蛋白-蛋白互作

创新多组学技术服务
2023.6.06

转录组+蛋白组、代谢组+蛋白组,是之前常常提到的蛋白组的常规联合方式,底层逻辑是基于中心法则——从基因表达的开端到生命活动的最下游去阐述一个故事。中心法则由英国生物学家弗朗西斯·克里克于1958年提出,而同时他也提到,中心法则之外,生命活动的阐释还有很多未了解到的部分。

例如蛋白质生物合成的最后步骤翻译后修饰,可能会引起蛋白质的功能或者活动机制的改变,而这个改变作用于DNA,可能会对DNA转录调控产生影响,作用于其他的蛋白质,会引起另外的功能变化。受一篇发表在Molecular Cell(IF=19.328)客户文章的启发,今天分享两种做完蛋白组学之后可以补充做的下游组学实验给大家。

组学一:CUT&Tag测序——探索已知蛋白结合的DNA信息

组学二:酵母双杂交——探索已知蛋白可以与其他哪些蛋白互相作用

首先来看下这篇文章:

中文标题:组蛋白磷酸化整合了肝脏胰高血糖素-PKA-CREB糖异生程序,以响应禁食

发表时间:2023.3.1

合作单位:中国科学院上海营养与健康研究所

研究前已知胰高血糖素PKA信号通过CREB转录因子控制肝脏糖异生,文章旨在发现该过程的具体生物途径,揭示了这种信号在直接刺激组蛋白磷酸化以调节小鼠葡萄糖异基因中的独特功能。文章的研究主要发现了四个关键成果:

·H3S28ph(组蛋白H3丝氨酸28磷酸化)刺激肝脏糖异生基因转录

·PKA被CREB募集到基因组中,并磷酸化H3S28 

·PP2A去磷酸化H3S28ph并抑制肝脏糖异生成

·14-3-3ζ读取H3S28ph并通过RNA Pol II募集促进基因表达

Q

其中14-3-3ζ读取H3S28ph并通过RNA Pol II募集促进基因表达这个部分是怎么实现的呢?

1.蛋白质谱分析肝组织中的核蛋白,确定目标蛋白14-3-3ζ

2.CUT&Tag测序验证14-3-3ζ与H3S38ph结合的DNA一致性高(图C)

3.蛋白互作技术验证14-3-3ζ与肝组织中的RNA Pol II及其磷酸化形式(RNA Pol II S5p)结合(图E)

→证明14-3-3ζ作为阅读器读取H3S28ph并通过RNA Pol II募集促进基因表达

文献部分结果展示

自今天起至2023年12月31日,在欧易集团子公司鹿明生物做蛋白组学项目,即可享受CUT&Tag测序、酵母双杂交(建库&筛库)9折优惠。

福利、文章咱都要!

上海欧易生物医学科技有限公司(简称:“欧易生物”),成立于2009年,经过十多年稳健发展,已经成长为拥有“晶准生物”“鹿明生物”“青岛欧易”三家全资子公司,近600名员工的生物科技领域集团型企业。

欧易生物始终秉持着“硬数据 · 好服务”的理念服务于大众。为大生命科学、大健康相关研究领域,以及医药、食品及日化企业的客户,提供从基础研究到药物靶点发现、药理药效及安全性评价、疾病分子标志物筛选、致病菌及耐药菌溯源等相关技术服务,全力加速客户研究与开发进程,提升客户研究与开发价值。

欧易生物携手旗下子公司,实现了中心法则上、中、下游多层组学的串联,从基因组、转录组、表观组、微生物组,到蛋白组、代谢组及近年热门的单细胞&空间多组学技术服务,为科研用户提供全面的创新多组学技术服务。

欧易生物已先后获得上海市科技小巨人企业、闵行区研发机构、闵行区企业技术中心、产权管理体系认证企业等资质。拥有授权发明专利30+项,在受理发明专利50+项,软件著作权150+项。

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