数据处理使用 MetaboScape 2021(预发行版本)。使用 Analytelist 对化合物进行注释,注释使用的信息包括:一级准确质量数、保留时间、同位素峰信息、MS/MS 匹配度和 CCS 值。
统计学分析(PCA 和 t-test),Pathway mapping 同样在 MetaboScape 中完成。咖啡因和可可碱的代谢通路来源于https://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3633。代谢物注释过程如图1 所示。图1 给出了黄嘌呤(paraxanthine)的注释结果,质量偏差为 0.242mDa,CCS 值偏差为 0.8%。mSigma 值代表同位素峰匹配度,当 mSigma 值小于 20 时,表示与理论同位素分布有很高的重合度。图1C 为可视化的鉴定结果打分,绿色代表所有参数都匹配的非常良好。图1E 给出了实测 MS/MS 谱图和数据库 MS/MS 谱图的对比。图1:黄嘌呤(paraxanthine)的注释过程使用分别位于澳大利亚珀斯和德国不来梅的两台 timsTOF Pro 对样品进行分析。每个样本进行四次技术重复。共得到 CCS 值 120-210Å2 的 20 种高置信度的代谢物的注释结果。实验室内部的结果显示 CCS 值的平均偏差很小,具体偏差结果见表1。不同实验室之间的 CCS 值对比也呈现很小的偏差。不来梅 vs 珀斯的 |ΔCCS| 正离子仅为 0.25%,负离子为 0.15%。图2 给出了两台仪器 20 种代谢物 CCS 值的对比。图2:两台 tims TOF Pro 测得的 CCS 值结果对比将实验值和文献值进行对比,平均的 |ΔCCS[%]| 结果见表2。对于所有的代谢物偏差均小于 2%。CCS 值和保留时间一样,都可以作为扩展的代谢物注释的信息。但保留时间受液相仪器的影响较大,不同的仪器之前保留时间存在着较大的偏差。而上述的实验表明 CCS 值在多台 timsTOF Pro 以及 timsTOF Pro 和文献值之间具有很高的重现性,这大大提升了使用 CCS 值对代谢物注释的置信度。