蛋白质互作网络(Protein-Protein Interaction Networks,PPI)是由蛋白通过彼此之间的相互作用构成,来参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。
String数据库(https://string-db.org/)是一个搜索已知蛋白质之间和预测蛋白质之间相互作用的数据库,该数据库可应用于五千多个物种,包含两千四百万种蛋白的,大于2000万种蛋白质之间的相互作用连接。
目前一般都采用String数据库来研究蛋白互作网络,那么下面来介绍一下这个数据库的基本使用方法。
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查询与某一个蛋白间有互作关系的蛋白有哪些?
(1)首先,打开String网站,点击左侧的protein by name,然后在右侧输入蛋白ID(可以是uniprot蛋白ID也可以是基因名)和物种名,点击search即可;
(2)然后(例如输入小鼠蛋白Znf706),则可得到与该蛋白有互作关系的相关蛋白信息,点击legend可得到目的蛋白与互作蛋白间的连接度信息;
(3)点击PPI图上的彩色圆球可以得到蛋白的结构信息,点击蛋白与蛋白间的连线可以得到蛋白间相互作用的类型(不同颜色代表不同的作用类型,数据库将作用类型分为7大类,分别是基因邻接、基因融合、基因共表达、实验数据、文本挖掘数据、数据库数据、在PubMed Abstracts中共同提及)。
2
绘制蛋白与蛋白间PPI图。
(1)首先,打开String网站,点击左侧的multiple proteins,然后在右侧输入蛋白ID(可以是uniprot蛋白ID也可以是基因名)和物种名,点击search即可;
(2)点击search即可得到蛋白-蛋白相互作用结果。有老师会发现我们项目报告里面提供的结果和String网站做出来的PPI图有一些不太一样,主要是因为与网站的默认阈值设置的不同,这个时候只需要将minimum required interaction score设置成low confidence即可;
点击exports即可查看蛋白与蛋白间的连接度;
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使用Cytoscape软件对PPI图进行美化。
目前String上的图可能不够满足发文个性化要求,因此会需要用Cytoscape软件进行图片美化,关于Cytoscape图片绘制方法,我们有绘制相关教程,需要的话,私信小鹿哦。
(点击图片可以了解Cytoscape)
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文末看点|lumingbio
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