肠道菌群专题 | 大幅提高瘤内菌群检出的新技术

说起微生物组学研究，我们熟悉的检测方法主要包括扩增子（16S/ITS/18S）测序和宏基因组测序，16S测序技术主要用来检测微环境中细菌的种类和丰度，但是这种方法检测肿瘤内细菌效果往往不佳。升级版16S测序——5R 16S测序，与常规扩增策略相比，此方法扩增出的区域覆盖约68%的16S全长序列，可以大幅提高细菌物种检测的覆盖率和分辨率。

肿瘤微生物组（Tumor Microbiome）是指肿瘤环境中所有的微生物，有助于微环境重塑，与肿瘤的发生发展紧密相关。肿瘤微生物可以通过增加突变直接促进肿瘤发生，或者调节致癌基因或致癌通路，以及通过调节宿主免疫系统减少或增强肿瘤进展。

微生物组是肿瘤微环境中不可或缺的成员，但是相比于其他样本类型，肿瘤样本中微生物含量较低，且宿主含量较高。用常规方法检测肿瘤微生物得到的微生物信息非常有限。

基于常规16S方法改进的5R 16S检测技术可检测到更全分辨率更高的微生物信息。5R 16S是对16S rRNA基因上的五个区域（V2、V3、V5、V6、V8）进行多重PCR扩增和测序，可用于检测低生物量的微生物样本，此外，5R 16S测序还能兼容有一定程度降解的FFPE样本。

5R 16S优势：

●更有利于低微生物生物量样本中的菌群检测；

●比传统V3-V4更准确也更丰富进行菌种（species）鉴定；

●能胜任有一定降解的样本中的菌群检测，如FFPE样本等；

在肿瘤疾病研究中的应用:

肿瘤微生物的研究方向大致可以分成四个方面：1.肿瘤疾病的诊断；2.肿瘤疾病的发生机制研究；3.肿瘤疾病预后研究；4.药代动力学研究。

5R 16S测序技术已用于数千份肿瘤组织样本（包括几百份FFPE样本）的瘤内细菌群的检测，包括头颈癌、肺癌、乳腺癌、胃癌、肝癌、结直肠癌、胰腺癌、前列腺肿瘤、宫颈癌等，还有非癌组织包括脑组织、鼻部息肉、消化道粘膜、胸腺导管、肺组织、肝组织、皮肤组织等，以及乳汁、血浆、血清、白细胞、子宫内膜拭子等，整体的检测效果令人满意。

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