技术简介:
指对环境细菌的16S rRNA进行高通量测序。16S rRNA结构既具有保守性,又具有高变性。通过测序结果与数据库比较,可以分析环境细菌的菌群结构和多样性。
生物信息分析:
1. 序列质量控制。
2. 操作分类单元(OTU)的划分
a) 按照序列数量生成OTU的丰度谱。
b) 基于OTU 丰度谱进行的样本比较,如层次聚类、主成分分析等。
c) 比较组间差异,找出贡献差异的OTU,阐述其生物学意义。
3. 物种分类的鉴定
a) 按照序列数量在不同层次生成物种分类的丰度谱,通常在门和属的水平进行。
比较组间差异,找出差异显著的分类单元,阐述其生物学意义。
送样要求:
样品 | 要求 |
DNA | ≥5ug |
浓度 | ≥50ng/ul |
纯度 | OD 260/280 =1.8~2.0 ;无蛋白及RNA 污染 |