单细胞测序 | 单细胞核测序 | |
冻存组织 | 细胞活性丧失,死细胞无法进行scRNA-seq | 细胞核对化学和机械处理更有抵抗力,可针对冻存组织直接制核。 |
细胞体积偏大或形状不规则的细胞(eg. 心肌细胞) | 难以获取高质量的单细胞悬液;单细胞捕获时,容易造成堵管 | 组织直接制核,无需考虑细胞实际体积问题 |
特殊组织、或者对实验消化体系存在偏好性的样本(eg. 神经元) | 某些基因应激表达造成的数据失真,导致无法获取真实的细胞类型比例 | 组织直接制核,无需考虑样本消化偏好性。制核过程选择无酶不含表面活性剂的方法,可以避免因酶解,机械压力诱导的细胞类群占比失真 |
数据分析 | ScRNA-Seq可获得细胞核和细胞质内的RNA信息。 | snRNA-Seq可获得核内的RNA、以及内含子区、基因间区数据,基因信息更丰富,区分细胞异质性更准确。 |