另外,约20%的转录本未能与数据库中的任何蛋白匹配,很可能由于这部分转录本是花生特有的转录本。 对于已通过UniProtKB注释的转录本,利用GO对已注释基因的功能进行分类,共有42,995个转录本可比对至GO数据库,且38,280个转录本与分子功能相关,31,152个转录本与生物过程相关,17,881个转录本与细胞组成相关。...
但其中的一个难点是 C T 值与相应的拷贝数成指数关系(见第 4 部分) , 因此,在最后的计算中, 的误差通过△△ C T 加上标准偏差和△△ C T 减去标准偏差来评估,这就使得求得的数值相对于平均值呈不对称分布。不对称分布是因为结果经指数处理后转化成量的线性比较造成的。通过不同荧光染料标记的探针,我们可以在同一管中同时扩增目标序列和内标序列。...
第1阶段-测序读长的比对(alignment)与组装(assembly)测序完成后,分析的起点就是数据文件,这个数据文件包含了测序计数的碱基,这些数据文件通常是以FASTQ文件的格式存在。处理这些FASTQ文件最常见的第一步操作就是将测序读长回贴到已知的转录组上(或已经注释的基因组上),将每个测序读长转换为一个或多个基因组坐标。...
在 8h 的时间范围内,在每一时间点都取 3 个重复样本,每一样本在 cDNA 合成之後都做定量 PCR ,数据分析用到了公式 9 ,即: Time x 表示任意时间点, Time 0 表示经 β -actin 校正後 1 倍量的目标基因表达。 0 时刻目标基因和内标基因的平均 C T (见图 2 第 8 栏)被用于公式 9 中。...
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