将测序得到的原始数据首先通过SeqClean软件与UniVec数据库进行比对后,去除接头等序列,然后设置严格的过滤标准去除低质量reads。如果一条read中30%的碱基质量值小于Q20或者该read长度小于50bp,则会被过滤掉。经过以上数据处理,共得到1683,455条有效reads,有效数据(clean data)占原始数据(raw data)的比例为83%。...
总之,ChIA-Drop是一种在单分子水平上捕捉多重染色质相互作用的简单、可靠和有效的方法,与以往的双种群水平方法(如Hi-C和ChIA-Drop)不同,该方法只需5×103细胞或6×104用于ChIP实验。并且,研究人员描述了转录多重相互作用。与以前的群体水平分析相反,这种分析暗示了广泛的启动子-启动子相互作用。...
通过将测序数据映射到参考基因组上,可以识别那些在线性上远离的、但在空间上临近的多重相互作用的染色质位点。数据分析是用由该团队开发的ChIA-DropBox工具包来完成的,该工具包包括数据分析和可视化模块组成。图:ChIA-Drop技术流程示意图该课题组用ChIA-Drop在果蝇S2细胞中所检测到多重染色质相互作用, 并且进一步用长序列测序和荧光原位杂交实验进行了验证。...
基于严格的数据质控标准,GEN审编来自GSA、GEO、ENA和DRA数据库的高质量原始转录组测序数据和详细元数据信息,并利用自主搭建的标准化流程分析处理相应数据,为用户提供包括基因/转录本表达、环形RNA表达、RNA选择性剪接和RNA编辑四个层面的转录图谱。...
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