基因表达差异分析

　　基因表达差异分析常常是表达谱芯片分析首要目的。要达到这一目的，表达谱芯片数据一般先要进行数据预处理，包括各种质控判断和芯片数据的归一化。根据实验设计的不同，基因表达差异分析也有不同类型。

　　数据预处理

　　针对不同芯片数据选择不同的质控方法和数据标准化方法。常用的芯片质控和数据归一化方式有：

　　多组间差异基因分析

　　筛选两组或多组样品之间显著性的差异基因。通过T-test或方差分析等各种统计分析得到的p-vluae并结合倍数筛选方法，筛选出不同组间差异显著的基因。根据实验样本分组的不同来选择不同的检验方法进行差异分析。

　　组织特异性表达基因分析    

　　组织特异性基因是指仅在某一分组中相对高表达的基因，寻找组织特异性基因可以通过方差分析或SAM软件分析，结合p-vluae和Fold change筛选出每个分组中特异表达的基因。下图是挑选组织特异性表达基因并以层次聚类图展示结果。

　　趋势分析

　　趋势分析是寻找具有某种表达模式的基因群的分析，一般适用于不同时间点或药物浓度梯度等逻辑序列的实验。采用统计检验得到的q-value<0.05并结合倍数进行筛选，得到随样本顺序变化有明显表达趋势的基因群。