全基因组关联研究

　　全基因组关联研究(Genome-Wide Association Studies, GWAS)是一种基于一般人群的关联分析，它利用全基因组SNP（Single-nucleotide polymorphism）分型技术，通过在全基因组水平筛查与疾病或性状关联的SNP，利用连锁不平衡来确定影响疾病或性状的区域，为疾病或性状的遗传病因研究提供线索。常见的病例对照研究需要两类样本，一是疾病或特殊性状类样本，二是未患所研究疾病或性状的对照样本。对于特殊性状，可以利用一组样本开展相关研究。博奥生物根据目前国内外GWAS发展趋势，特推出GWAS相关的生物信息学分析服务，主要服务内容有：

1.根据疾病类型和样本储备情况，提供研究设计相关的咨询服务；

2.基因分型：基于cel文件的分型；

     

3.样品质控：基于SNP分型数据，根据样品的callRate、分型一致率等对样品进行质量控制。剔除分型失败样品、重复样品和可能具有亲缘关系的样品，观察样品是否污染，检验样品性别等；

     

4.人群分层分析：通过多种统计学方法检查人群遗传结构，并识别离群个体；并选择使用合适方法对关联分析的结果进行校正，减少人群分层带来的假阳性；

     

     

5.位点质控：根据callRate、MAF(Minor Allele Frequency)、HWE(Hardy-Wenberg Equilibrium)检验结果等指标对SNP位点进行预处理；

6.单点关联分析：针对定性表型或定量性状，采用Allelic、Genotypic、Dominant、Recessive等多种遗传模型进行关联检验；

     

     

        

7.显著位点综合评价：根据单点关联分析的结果，同时参考分型质量、MAF和HWE检验结果，对位点进行综合评分，在全基因组上筛选与疾病关联的位点，并计算各个SNP等位基因的频数；

     
          

显著位点的分型聚类图（左：分型质量好，关联分析结果可靠性高；右：分型质量差，关联分析结果可靠性低）

8.显著位点注释：用MAS软件对显著位点进行功能注释；

9.精确定位（Fine mapping）分析：针对候选区域挑选tagSNP，构建单体型等；

     

10.单体型分析：基于单体型数据，用相应统计学方法进行关联分析(图4)；

此外，博奥生物还可以提供基于家系样本的TDT(Transmission/disequilibrium test）分析、FBAT（Family Based Associated Test）分析等服务。