全基因组连锁分析
全基因组连锁分析(Genome-wide linkage analysis)是基于一个或多个家系的样本,通过不同遗传模型,在全基因组水平上来寻找与家族聚集性疾病(或性状)连锁区域的一种分析方法。博奥生物提供的全基因组连锁分析服务主要包括:
1.研究设计相关的咨询服务;
2.样品质控:基于SNP分型数据,根据样品的callRate、分型一致率等对样品进行质量控制,检验样本性别及样本间亲缘关系是否正确等;
3.位点质控:根据样品的callRate、MAF、孟德尔误差检验结果等剔除不合格的SNP位点;
4.连锁分析:根据疾病遗传模式,选择合适的遗传模型,进行多点参数和非参连锁分析;
5.modeling LD分析:根据连锁分析结果,对疑似连锁区域modeling LD分析即去除位点间的LD(linkage disequilibrium)重新进行连锁分析;
显著位点的注释:用MAS软件对显著位点进行功能注释;
此外,还提供基于候选区域的单点和多点连锁分析服务。