SELDI蛋白质芯片实验包括四个步骤：
步骤一：芯片类型的选择
蛋白质芯片提供了多种色谱的功能，包括亲水、疏水、阳离子交换、阴离子交换以及金属亲和表面等。此外，通过共价偶联选定的蛋白质或者其他目标分子，可以对芯片表面实现预活化，从而设计出具有更高针对性、特异性的芯片。
步骤二：上样
血清、细胞或者组织的裂解液、尿、脑脊液，或者其他蛋白质匀浆液等复杂的生物学样品——包括那些含有高浓度盐离子和去垢剂的样品——都可以直接上样于SLEDI蛋白质芯片表面。样品通过手工加样或者自动上样仪进行点样。复杂蛋白质样品中的一个特定亚群将通过简单的化学作用或者蛋白质相互作用被芯片捕获。
步骤三：未结合成分的洗脱
孵育后，未结合的蛋白和其他成分从芯片表面洗脱掉。只有那些特异性结合的蛋白质才保留下来用于进一步的分析。这种选择性的洗脱进一步选取基于芯片特色的蛋白质集合。
步骤四：在SELDI蛋白质阅读机上进行分析
在洗脱步骤之后，点加上含有能量吸收分子（EAM）的有机溶液。EAMs对样品的离子化起关键作用。在蛋白质溶解到含有EAM的溶液之后，溶液挥发掉，在芯片表面形成蛋白质和EAMs的共结晶。
芯片在SELDI阅读机上进行分析，后者是一种时间飞行质谱。芯片阅读机内有一个氮源的激光器，导致离子化和解吸附过程的产生。激光能量诱导蛋白质离子化以及从晶体态到气态的转变。
一旦进入到气态，带电蛋白质分子在一个分离电压作用下迅速地运动，或称“飞行”。分离电压对样品中所有的分子具有相同的作用，使之表现出基于分子量差别的不同飞行时间。SELDI阅读机记录下这些飞行时间，换算成分子量。
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