宏蛋白组学是应用蛋白组学技术对微生物群落进行研究的一项新技术，在特定时间对微生物群落的所有蛋白组的组成进行大规模的鉴定。所研究种类非常多样化，比如活性淤泥中的微生物，海洋微生物，土壤中的微生物，发酵食品中的微生物，肠道微生物，粪便、黏膜腔等。

宏蛋白质组分析的基础来自于宏基因组测序的结果，其数据库来源主要通过两种手段：通过16s测序得到大体物种组成后在公共数据库中提取相应物种序列数据库进行整合；或者通过全基因组/转录组测序等手段深度测序样品中的DNA/转录组信息。

样品制备要点 

1.微生物组组成复杂、体系含有大量杂质，蛋白质提取需要针对性优化；

2.同一样品中的微生物组性质不同，需要不同的提取和裂解方案(革兰氏阴性菌/阳性菌）；

3.外源性动物植物、人源蛋白、储存过程中其他来源的微生物污染；

4.从复杂样品中提取蛋白的难度较大，极容易大量损失蛋白或提取失败；

5.蛋白丰度跨度大，需要一套复杂有效的分离分析实验策略。

质谱检测

1.微生物组包含微生物种类繁多，蛋白丰度跨度大；

2.对质谱的扫描速度、分辨率、质量精度要求高；

3.一些常用的定量蛋白组技术可能出现不兼容。

数据搜索

1.缺乏微生物组蛋白数据库;

2.样品中的许多微生物至今未被鉴定,所以不管是依赖metaproteomIcs数据库还是公共数据库,都是不完整的

3.构建的数据库过大,会增加错误率

4.为了达到较高的蛋白鉴定率,同时会获取海量的谱图及使用巨大的数据库,导致数据分析时间漫长

5.由于微生物种群间的序列相似度较高,目前没有可能将肽段准确的归属到完全特定的物种定量时,由于以上问题的存在,导致定量结果的整合更加困难

技术路线

技术优势

1.相关领域专业技术团队；

2.自主研发改进的具有技术优势的操作方法；

3.多种微生物案例经验累积；

4.人才济济的生物信息分析团队。

应用领域

生物医药：肠道菌群与重大疾病关系研究

微生物领域：致病机理，耐药机制，病原体-宿主相互作用研究等； 

临床诊断：生物标志物，疾病机理机制，疾病分型，精准治疗等。