1.数据质控:去除接头污染和低质量数据 2.与参考序列进行比对、统计测序深度及覆盖度 3.SNP/InDel/SV/CNV 检测、注释及统计 4.基因组变异 Circos 图展示 | (一)基于变异有害性的筛选 1. 突变位点筛选 (1)筛选的突变过滤已知数据库; (2)筛选的变异保留编码区或剪切位点区的变异位点; (3)氨基酸保守性预测 2.突变位点有害性分类 3.Non-coding 区突变位点筛选 4.结构变异 CNV/SV 有害性分析 (二)基于选样信息的筛选 1.显性/隐性遗传模式分析(需合作方提供家系图) 1.1 显性遗传模式 1.2 隐性遗传模式 2.家系连锁分析(家系样本) 3.纯合子区域(ROH)分析(近亲结婚家系样本) 4.共有突变基因筛选(散发样本) (三)基于基因功能和表型的筛选 1.候选基因功能富集分析 2.候选基因通路富集分析 3.候选基因与疾病相关性排序 | (一)基于变异有害性的筛选 1. 突变位点筛选 (1)筛选的突变过滤已知数据库; (2)筛选的变异保留编码区或剪切位点区的变异位点; (3)氨基酸保守性预测 2.突变位点有害性分类 3.Non-coding 区突变位点筛选 4.结构变异 CNV/SV 有害性分析 (二)基于选样信息的筛选 1.显性/隐性遗传模式分析(需合作方提供家系图) 1.1 显性遗传模式 1.2 隐性遗传模式 2.新生突变筛选(核心家系) 2.1 de novo SNP/InDel 筛选 2.2 de novo CNV/SV 筛选 2.3 SNP/InDel 新生突变速率计算 3.共有突变基因筛选(散发样本) (三)基于基因功能和表型的筛选 1.蛋白功能互作网络(PPI分析) 2.候选基因功能富集分析 3.候选基因通路富集分析 4.候选基因与疾病相关性排序 | 1. 药物效应多态性的遗传学机理研究 使用 PharmGKB 和 Drugbank 数据库对药物基 因组项目进行注释和分析,需客户提供所关注的 药物名称。 2. 生存分析(基于临床随访数据) (1)构建 Cox 风险比例回归模型 (2)生存曲线 (3)绘制曼哈顿图 (4)绘制 Q-Q 图 (5)绘制 Locus Zoom 图 3. 疾病显著性关联位点分析(建议基于 150 对以 上 case/control) (1) Fisher 精确检验 (2) 绘制曼哈顿图 (3) 绘制 Q-Q 图 (4) 绘制 Locus Zoom 图 4. 疾病显著性关联基因分析(建议基于 150 对以 上 case/control) (1) SKAT 统计检验 (2) 绘制 Heat map 图 备注:Control 的选择范围 (1)客户准备 control 样本,和 case 样本 并行测序后,进行关联分析; (2)可以免费利用诺禾内部自然人数据库 Novozhonghua 作为 control 来做关联分析; (3)可以利用数据库 ExAc、gnomAD 作为 control 来做关联分析。 5. HLA 分析(分析内容参照人 HLA 捕获测序分 析内容) 6. 线粒体基因组分析(分析内容参照人线粒体基 因组测序分析内容) |