中心现有检测实验室面积约3868.34 m2，建立了质谱、色谱、光谱、氨基酸、微生物、病毒与转基因、理化等多个测试分析实验室，拥有液-质-质联用仪、气-质联用仪等分析检测仪器和设备条件156台(套)，价值2000多万元。利用这些仪器设备可完成食品中营养成分、农药残留、有害物质和重金属等的分析。