溶液中若存在着能够吸收激发或荧光物质所发射光能的物质，就会使荧光减弱，这种现象称为“荧光内滤作用（Inner filtering effect）”。例如，在1 μg·cm－3的色氨酸溶液中，如果存在K2Cr2O7，由于在色氨酸的激发和发射峰附近正好是K2Cr2O7的两个吸收峰，吸收了色氨酸的激发能和色氨酸发射的荧光，使测得的色氨酸荧光大大降低。
内滤光作用的另外一种情况是荧光发射光谱的短波长一端与该物质的吸收光谱的长波长一端有重叠。在溶液浓度较大时，一部分荧光发射被自身吸收，产生所谓的“自吸收”现象而降低了溶液的荧光强度（王镇浦等, 1989; 赵藻藩等, 1990）。
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