经过多年的发展，目前冷冻电镜的数据处理部分主要包含了以下的流程(图3)：
(1) 衬度传递函数的修正(CTF correction)
(2) 样品分子投影数据的筛选(particle selection)
(3) 二维投影数据的分类和降噪(2D analysis)
(4) 三维模型的重构和优化(3D reconstruction and refinement)
(5) 多重构象的结构分析(heterogeneity analysis)
(6) 对重建结构分辨率的分析(structure resolution assessment)
(7) 结合生物化学原理和实验数据对三维结构的解读(model interpretation and validation)
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